<style>
    .shape {
        overflow: hidden !important;
    }
    
    .shape .tn-atom:hover {
        transform: scale(1.2);
/*можно сделать 1.1 если слишком увеличивает крупно*/
    }
    
    .shape .tn-atom {
        transition: 0.2s;
/*можно сделать плавнее 0.3,0.4,0.5 и тд*/
    }
</style>